L’organisation de la vie religieuse du peuple macédonien peut être divisée en trois phases principales: 1. l’existence de l’Archevêché d’Ochrida (Xème siècle - 1767); 2. les luttes pour son renouvellement (fin du XVIIIème - moitié du XXème siècle) et 3. le développement de l’Église orthodoxe autocéphale macédonienne (depuis la Deuxième guerre mondiale jusqu’aujourd’hui).

Au cours de la GLN, on commence à résoudre la question du rétablissement de l’église macédonienne autonome. Les affaires de l’église sur les territoires libres sont dirigées par le Commissariat pour la religion auprès l’État-major. Au village Izdéglavïé, en 1944, est organisée la Première asssemblée sacerdotale. Le Comité d’initiative est formé et il convoque la Première assemblée populaire-ecclésiastique macédonienne (mars 1945) à laquelle 300 délégués décident le renouvellement de l’Archevêché d’Ochrida comme église macédonienne autonome et ses propres épiscopes et son propre clergé.

A la Deuxième assemblée ecclésiastique (Ochrida, 4-6 octobre 1958) est prise la décision du renouvellement de "l’Archevêché d’Ochrida de St. Clément" sous le nom de l’Église orthodoxe macédonienne (EOM) et les confins de son juridiction coïncident avec les confins d’État de la République de Macédoine. On adopte le premier Statut de l’EOM et on élut le premier archevêque - Dossiteï.

A la Troisième assemblée ecclésiastique macédonienne (Ochrida, 17 juillet 1967) est prise la décision de proclamer l'autocéphalité de l'Église orthodoxe macédonienne (EOM) avec l'Archevêque d'Ochrida et de la Macédoine à la tête.

La reconnaissance de l'autocéphalité de l'EOM se déroule lentement à cause de l'attitude négative d'églises orthodoxes voisines, mais son renommé et son affirmation dans le monde ne font qu'augmenter.

Aujourd'hui, le réseau d'institutions ecclésiastiques de l'Église orthodoxe macédonienne en Macédoine et à l'étranger est développé (8 éparchies, séminaire et Faculté de théologie à Skopjé).

Le rôle de l'EOM dans la vie religieuse de citoyens de la République de Macédoine devient de plus en plus important, surtout parmi les Macédoniens-émigrés partout dans le monde.

Depuis la formation de l'État macédonien moderne en 1944, en République de Macédoine fonctionnent librement aussi l'Église catholique de Rome, la Communauté islamique, l'église juive et autres organisations religieuses.

L'émigration en masses de Macédoniens est intense surtout après l'Insurrection de St. Élie en 1903, pendant les deux guerres mondiales et après la Deuxième guerre mondiale. Les motifs de l'émigration intensifiée des Macédoniens sont: la terreur après les insurrections et les guerres, la négation de droits politiques et nationaux etc. Pendant la période actuelle, les motifs en sont économiques - les efforts pour procurer une vie meilleure.

Aujourd'hui, en Europe et dans les pays d'outre-mer vivent 600.000 Macédoniens, concentrés surtout en Australie, au Canada, aux États-Unis, en Argentine, en Allemagne, en Suisse et en Suède. Les centres d'émigration macédonienne sont: Toronto, Detroit, Sidney, Perth etc. Aujourd'hui, dans le monde existent plus de 600 sociétés d'émigrés macédoniens, unies en plusieures associations (MANS, "Macédoniens Unis" etc.).

Le rôle de l'Église orthodoxe macédonienne parmi les Macédoniens-emigrés est important et actif par l'intermédiaire de l’Éparchie americaine-canadienne-australienne, avec 34 communautés ecclésiastiques, 2 monastères et plusieures églises modernes où on cultive la conscience nationale macédonienne et on réalise l'union spirituelle et de culture de Macédoniens.

Par leurs efforts tenaces et par le développement d'activités diverses (politiques, de culture-d'instruction, publications, sports etc.), les Macédoniens-émigrés ont réussi à faire respecter l'individualité de la nation macédonienne et de la langue dans les sociétés multi-culturelles dans lesquelles ils résident et contribuent de manière importante à la défense et à l'affirmation de la République de Macédoine.