En vertu du Traité de Varkiza en 1945, le nom de la Macédoine et la langue macédonienne sont interdits de nouveau dans la partie d’Égée de la Macédoine. Les acquisitions nationales-de culture conquises au cours de la Guerre de libération nationale sont reniées et les autorités grecques commencent à exercer la pression et la terreur pour forcer la population macédonienne à émigrer. Les Macédoniens s’opposent tenacement à cette politique par la sauvegarde de leur identité nationale et par la formation d’organisations nationales qui ont dirigé la lutte (Commission politique provisoire, Front de libération nationale, NOMS, FAF etc.)

Le conflit entre la gauche et la droite en Grèce culmine par la Guerre civile (1946-1949) dans laquelle les Macédoniens de la partie d’Égée de la Macédoine participent en masses. Parmi 35.000 soldats de l’ADG, 15.000 sont Macédoniens. Leur héroïsme légendaire au cours des batailles à Vitcho, Gramos etc. oblige na PCG et l’État-major de l’ADG de reconnaitre les droits nationaux des Macédoniens (1947).

Pendant la Guerre civile, les Macédoniens organisent des cours pour des instituteurs macédoniens et ouvrent 87 écoles macédoniennes avec 10.000 élèves, publient des journaux en langue macédonienne ("Nepokoren", "Zora", "Edinstvo", "Borec") et constituent des sociétés artistiques-de culture etc.

Les conséquences de la défaite de l’ADG en 1949 sont très graves du point de vue ethnique et politique en ce qui concerne les Macédoniens. Sous pression des autorités grecques, 30.000 Macédoniens, parmi lesquels des milliers des enfants, sont expulsés en RP de Macédoine et aux pays de l’Europe Orientale. Environ 20.000 Macédoniens ont donné leur vie pour la liberté de leur peuple. Grand nombre de villages macédoniens est abattu à ras de terre et colonisé par la population grecque par les autorités grecques.

Après 1949, la Grèce continue à défendre le nom de la Macédoine, la langue et le chant et à persécuter les Macédoniens. La langue parlée en famille devient la langue secondaire. On interdit aux Macédoniens émigrés de retourner au pays et même de visiter leurs foyers natals; on leur nie aussi le droit de propriété de leurs biens immeubles.

Après 1974, la résistance contre la politique de dénationalisation devient de plus en plus forte. La langue macédonienne est employée de plus en plus souvent dans la communication par le folklore et on manifeste l’appartenance nationale macédoniene. Depuis 1984, le Mouvement pour la défense des droits de l’homme et des droits nationaux des Macédoniens de la Macédoine d’Égée fonctionne à Salonique, ainsi que l’association "Vinozhito" (Arc-en-ciel) et autres qui demandent la légalisation de droits nationaux et politiques des Macédoniens en Grèce auprès les facteurs internationaux et le gouvernement grec.

Au moment de la proclamation de l’indépendance de la République de Macédoine (1991/92), la Grèce conteste le nom de la Macédoine. Par l’Accord provisoire entre la République de Macédoine et la République grecque de 1995, la Grèce reconnait l’indépendance et l’intégrité territoriale de la Macédoine et c’est ainsi que commence le processus de la normalisation et du dévelopement de relations entre les deux pays, surtout la coopération économique, de culture et autre plus intense.