Après la capitulation de la Grèce (1941), la partie d’Égée de la Macédoine est partagée entre la Bulgarie, l’Italie et l’Allemagne. L’occupant bulgare s’efforce à attirer la population macédonienne par la formation de troupes pour la lutte avec des forces nationalistes grecques et à élargir ses apropriations territoriales à la Macédoine d’Égée entière, tandis que les Grecs - et la gauche (PCG, EAM,ELAS) et la droite - veuillent sauvegarder l’intégrité territoriale grecque acquise en 1913 et en 1919.

Dans les circonstances de l’occupation fasciste, les Macédoniens s’insèrent activement à la Guerre de libération nationale et antifasciste, mais avec des aspirations très diversifiées: depuis le programme national macédonien maximaliste ayant pout but l’union de la Macédoine jusqu’au programme national minimaliste, c’est-à-dire le respect de droits minoritaires des Macédoniens en Grèce qui coïncide avec la politique du PCG. La réalisation du programme national maximaliste est empêchée par le PCG et EAM et les Macédoniens peuvent se battre uniquement pour la réalisation du programme minimaliste, dans le cadre du PCG et d’EAM-ELAS.

Au cours de la GLN, les Macédoniens forment leurs propres organisations militaires-politiques. En 1942, dans la région de Vodén est formée l’Organisation antifasciste macédonienne (OAM) et en 1943 dans la région de Kostour et de Lérine, le Front de libération slavo-macédonien (FLSM). Parallèlement à ceux-ci, on constitue aussi des formations militaires macédoniennes: le détachement "Lazo Trpovski" (1943), le bataillon de Kostour-Lérine "Gotsé" et le bataillon macédonien de la région de Vodén (juin 1944). En 1944 est formée la Première brigade égéenne qui participe aux luttes finales pour la libération de la Macédoine fédérale.

Pendant la guerre, les Macédoniens réussissent à affirmer leurs valeurs nationales-de culture. On publie des journaux macédoniens: "Sloveno-makedonski glas" (La voix slavo-macédonienne), "Pobeda" (La victoire) etc. On ouvre les premières écoles macédoniennes, on organise des cours pour la formation d’instituteurs et on publie l’abécédaire et le livre de lecture. La langue macédonienne est introduite aussi dans la liturgie. Les sociétés culturelles macédoniennes présentent le folklore macédonien. On joue aussi la pièce de théâtre "Les noces sanglantes macédoniennes".

En 1945, tous ces droits sont abolis de nouveau par les autorités grecques qui continuent leur politique traditionelle de dénationalisation et d’assimilation du peuple macédonien de la partie égéenne de la Macédoine.