Le peuple macédonien de la partie de Pirine de la Macédoine s’insère activement au Mouvement de libération nationale et antifasciste. Au mois de juin 1941 déjà, le Comité régional du Parti communiste bulgare (PCB) pour la Macédoine de Pirine décide d’entreprendre la lutte armée, surtout à l’initiative de Nikola Parapounov, secrétaire du Comité régional (CR). Le premier groupe de partisans dans la partie de Pirine de la Macédoine est formé par Ivan Kozarév. Ce groupe réalise la première action antifasciste armée non seulement en Macédoine et en Bulgarie mais aussi dans les Balkans. Des groupes de partisans sont formés aussi par N. Parapounov et K. Kantardjiév. A cause du dévelopement rapide du mouvement de partisans, le gouvernement fasciste bulgare entreprend des représailles contre nombreux Macédoniens-antifascistes.

En 1942, le mouvement de partisans s’élargit. On forme des troupes dans la région de Gorna Djoumaya, de Névrokop et de Pétritch. En 1943, on forme des détachements "Yané Sandanski" et "Nikola Kalaptchiév" à Gorna Djoumaya. Les détachements entreprennent des actions militaires. Vers la fin de 1943, le mouvement subit un coup dur par l’assassinat de N. Parapounov et d’A. Pandourski.

En 1944, les détachements de partisans de la Macédoine de Pirine forment IVème zone opérative insurrectionnelle et la brigade "Yané Sandanski". Le nombre de combattants d’unités militaires augmente en 1944. A côté des relations avec les comitéss du Front patriotique (FP) en Bulgarie, le mouvement de partisans est lié aussi au mouvement de la partie de Vardar et d’Égée de la Macédoine. La brigade "Yané Sandanski" devrait être incluse dans la GLN de la Macédoine, mais elle est vite dissolue et incluse dans le mouvement antifasciste bulgare.

Les résolutions de la Première séance de l’AALNM à laquele participent aussi des représentants de la partie de Pirine de la Macédoine sont acceptées aussi par la population de la région de Pirine. Les Macédoniens de cette partie de la Macédoine conservent le désir de s’unir à la Macédoine Démocratique Fédérale.

A la Première conférence légale du Parti ouvrier bulgare(communistes) - POB(c.) de la région de Gorna Djoumaya du 5 e 6 novembre 1944, on constate que du point de vue géographique, économique et ethnique, leur région représente la partie inséparable de la Macédoine.

Prennant part à la Guerre antifasciste, les Macédoniens de la partie de Pirine de la Macédoine espèrent qu’après la guerre, l’État bulgare reconnaît et garantît leurs droits nationaux et politiques.

Vers la fin de la guerre, les dirigeances de la Yougoslavie et de la Macédoine initient des négociations avec la dirigeance de la Bulgarie pour former la fédération de deux pays (la proposition yougoslave prevoit la fédération pluraliste et celle bulgare dualiste) et pour l’union de la partie de Pirine de la Macédoine avec la Macédoine démocratique fédérale (MDF).