Depuis la fin du VIème jusqu'à la moitié du VIIème siècle, le territoire de la Macédoine est colonisé par les tribus slaves: Brsïatsi, Stroumïani, Dragoviti, Smolïani, Rinchines et Vélégesites. La population macédonienne antique, trouvée sur place, est assimilée par la population slave plus nombreuse. Les toponymes également sont slavisés. On forme des soi-disantes "sclavinias" administrées par les chefs tribaux qui, au VIIème et au VIIIème siècle, unis, essaient à conquérir Salonique et de créer en Macédoine un Etat médiéval. Comme résultat de la différentiation intense du point de vue état de fortune, en Macédoine commence le développement du régime féodal.

Sous l'influence de la christianisation précoce et plus tard, comme résultat de l'activité des fameux civilisateurs slaves, les Saints frères Cyrille et Méthode et de leurs disciples Saint Clément et Saint Naoum, la Macédoine devient un des centres plus antiques et plus développés de la littérature slave, avec son centre dans la ville d'Ochrida.

Comme conséquence de la consolidation de rapports féodaux, le mécontentement du peuple se fait sentir et qui culmine par le mouvement des "Bogomiles"(hérétiques), contre les maîtres séculiers et ecclésiastiques. Le mouvement se répand sur le territoire entier de la Macédoine, des Balkans et en Europe.

Pendant le règne de presque demi-siècle de l'empereur Samuel et de ses successeurs en Macédoine (969-1018), l'Etat médiéval macédonien se transforme en un des États féodaux slaves plus puissants dans les Balkans, avec le centre sur l'île Achille (la Petite Préspa) et à Ochrida. Sous le pouvoir de Samuel se trouvent la Macédoine (à l'exception de la ville de Salonique), une grande partie de la Bulgarie et certaines parties de la Grèce, de Rachka (Serbie), de Bosnie, de Douklïa (Monténégro) et de la Dalmatie.

Vers la fin du Xème siècle, Samuel obtient la couronne impériale de l'église de Rome et pendant son règne, l'église macédonienne devient d'abord archevêché et après patriarcat. Pendant la deuxième moitié du Xème siècle, dans le cadre de l'État macédonien, s'accomplit définitivement le processus de la formation de la nation macédonienne. Comme résultat de la formation de l'armée macédonienne permanente et de la structure centralisée de l'État, certaines tribus macédoniennes slaves s'unissent et commencent à former une seule nation.

Par l'assujettissement par Byzance (1018), pendant sept siècles, la Macédoine conserve l'autocéphalie de son Archvêché d'Ochrida. Au cours du XIème siecle, en Macédoine éclatent plusieures insurrections contre le pouvoir byzantin. Les plus connues sont les insurrections de Pétar Delïan (1040-1041) et de Gjorgi Voïtech (1073). Le maître féodal Dobromir Hrs réussit à établir son autorité en Macédoine en 1186-1202.

Depuis le XIIIème siècle, certaines parties du territoire de la Macédoine se trouvent sous le pouvoir épiriote, latin, bulgare, nicéen (byzantin) et serbe et ce n'est qu'à la fin du XIVème siècle (1371-1395) que la Macédoine tombe définitivement sour le pouvoir turc.